Sajnos sem a kártevőket, sem a kórokozókat nem tartja távol a fólia illetve üvegház. Sőt egyes betegségek illetve kártevők sokkal inkább el tudnak szaporodni az üvegházben, mint a szabadföldön, az állandó pára pedig a gombás fertőzéseknek is kedvező. A helyzetet nehezíti, hogy fólia vagy üvegház alatt sokkal körültekintőbben lehet csak permetezni, mivel a növények érzékenyebbek a növényvédő szerekre.